Studieren Sie Punkte, Um Neue Ansatz Für die Influenza ist eine Antivirale Resistenz

Forscher von der University of California, Irvine, mit Unterstützung des San Diego Supercomputer Center an der UC San Diego haben einen neuen Ansatz für die Erstellung von maßgeschneiderten Therapien für ansteckende Grippe-Stämme, die widerstehen aktuellen antivirale Medikamente.

Die Ergebnisse, online veröffentlicht in dieser Woche in „Nature Communications“, helfen könnte die Entwicklung neuer Medikamente, die auf die Ausnutzung so genannter Grippe-protein ‚ – Taschen.‘

Mit leistungsfähigen computer-Simulationen auf SDSC neue Böcke system, seit Beginn dieses Jahres unter 2,8 Millionen US-Dollar National Science Foundation (NSF) award, UCI-Rommie Amaro und Robin Bush zusammen mit SDSC ist Ross Walkercreated eine Methode, um vorherzusagen, wie pocket-Strukturen auf der Oberfläche von influenza-Proteine fördern die virale Replikation identifiziert werden können, wie diese Proteine zu entwickeln, so dass für mögliche pharmazeutische Verwertung.

„Unsere Ergebnisse können Einfluss auf die Entwicklung neuer Medikamente nutzen Sie dieses einzigartige feature,“ sagte Amaro, ein Assistent professor für pharmazeutische Wissenschaften und informatik an der UCI. Vor seinem Eintritt in die UCI im Jahr 2009, Amaro war Postdoc in Chemie an der UC San Diego.

Die Suche nach wirksamen Grippe-Medikamenten schon immer behindert durch das influenza-virus selbst, die sich von Stamm zu Stamm, die es schwierig machen, den Gegner mit einem bestimmten pharmazeutischen Ansatz. Die häufigste klinische Grippe-Behandlungen sind sehr breit und nur teilweise wirksam. Sie arbeiten durch Unterbrechung der Wirkung von einem Enzym des virus namens neuraminidase, die spielt eine entscheidende Rolle in der viralen Replikation.

Im Jahr 2006 entdeckten Wissenschaftler, dass die Vogelgrippe-neuraminidase (N1) zeigten eine markante, pocket-förmigen Funktion in der Region lokalisiert, die von klinisch verwendeten Drogen. Sie nannten es die 150-Fach.

Amaro und Busch, associate professor für ökologie und Evolutionsbiologie, forschte mit Ressourcen am San Diego Supercomputer Center, sowie das National Institute for Computational Sciences (NICS) zu lernen, die Bedingungen, unter denen die Taschen bilden. Sie erstellt molekularen Simulationen von Grippe-Proteine vorherzusagen, wie sich diese dynamischen Strukturen zu bewegen und zu ändern, sowie wo und Wann die 150-Hohlraum Taschen erscheint auf der protein-Oberfläche.

Diese Sequenz-Analyse-Methode eingesetzt werden könnten, auf die Entwicklung der Grippe-Stämme, die Bereitstellung von wichtigen Informationen für drug design, Amaro sagte. „Mit zusätzlichen antiviralen Medikamenten in der Behandlung von arsenal wäre von Vorteil und möglicherweise entscheidend, wenn es um einen sehr virulenten Stamm, zum Beispiel, H5N1, weiterentwickelt, um eine rapide übertragung auf Menschen oder wenn die bereits hoch übertragbaren H1N1-Pandemie-virus, Resistenzen zu entwickeln, um die vorhandenen antiviralen Medikamente“, fügte Sie hinzu.

Walker, ein Assistent professor, führt den Walker Molecular Dynamics Lab am SDSC, entwickelt eine angepasste version des AMBER-software, ein weit verbreitetes Paket der molekularen simulation-codes, die für die Ausführung dieser spezifischen Simulationen auf Böcke unter die NSF ist TeraGrid Advanced User-Support-System. Dass enthalten detaillierte performance-tuning-einschließlich hard-coding-atom zählt, atom-Typen und-Parameter, und-Böcke für die ununterbrochene zwei-Wochen-läuft das zusammen verbraucht mehr als eine million SUs (single-Prozessor Stunden).

„Wir haben zunächst die Athena supercomputer am NICS, die uns alle der erste Vergleich der Daten vor der Böcke kam online früher in diesem Jahr“, sagte Walker, der auch ein adjunct assistant professor in der UC San Diego Department Chemie und Biochemie. „Wir hatten die Böcke alle bereit zu gehen, sobald die ersten H1N1-protein-Struktur zur Verfügung, die mit den früheren arbeiten haben wir über Athena, wir waren in der Lage Böcke sofort an die Arbeit zu führen Simulationen der Struktur, ein Teil dieser Forschung.“

Robert Swift und Lane Votapka der UCI, sowie Wilfred Li von der UC San Diego, trugen ebenfalls zu der Studie, die Sie erhalten Unterstützung von den Nationalen Instituten der Gesundheit und der NSF.

Quelle:
Jan Zverina
Universität von Kalifornien – San Diego

Add a Comment

Deine E-Mail-Adresse wird nicht veröffentlicht. Erforderliche Felder sind mit * markiert.

Urheberrecht © 2019 gilbert-schmidt.de. Alle Rechte vorbehalten.
Eine Weiterverwendung und Reproduktion über den persönlichen Gebrauch hinaus ist nicht gestattet.